Родился, вероятно, в Мерсбурге на озере Констанс ок. 1410. Согласно дошедшим до нас документам, в 1442 он уже жил в Кёльне. Атрибуция произведений мастера стала возможной благодаря записи в дневнике Дюрера, где сообщается, что, посетив по пути в Нидерланды Кёльн, он видел в соборе алтарь, написанный "мастером Стефаном".
Лохнер рассматривается историками искусства как главный мастер кёльнской школы. Для художников этой школы характерны лиризм и мягкость в трактовке образов Священного. Самой значительной его работой является алтарь из кёльнского собора — "Поклонение волхвов". Умер Лохнер в Кёльне в 1451.
Когда Дюрер в октябре 1520 по дороге в Нидерланды остановился в Кельне, он записал в своем дневнике о расходе в 5 пфеннингов за разрешение посмотреть в капелле ратуши картину, написанную «Мастером Стефаном из Кельна». Это упоминание позволило установить, что автором панно, перемещенных в 1810 в собор, был Стефан Лохнер, и тем самым вызволить из многолетнего забвения самого знаменитого кельнского живописца XV в. Его имя впервые упоминается в Кельне в 1442, а в последний раз - в 1451, году черной чумы, которая стала, быть может, причиной смерти художника. Он был членом городского совета, что свидетельствует об уважении, которым он пользовался среди горожан. Документ, в котором он назван «Стефаном из Констанцы», позволяет говорить о том, что он был родом из Швабии.
Творческая эволюция Лохнера и сегодня остается неясной. Вероятно, он сформировался в Верхней Швабии, на своей родине, однако никакого документального подтверждения этому не найдено. Затем он появляется в Кельне, где воспринимает местную живописную традицию. После посещения Нидерландов, где он испытал влияние искусства Яна ван Эйка и особенно Мастера из Флемаля, он остается в Кельне на 30 лет. В соответствии со средневековой традицией, ни одно из его произведений не подписано, но два из них датированы: 1445 - створки алтаря Богоматери, изображающие «Рождество» (на обороте - «Распятие», Мюнхен, Старая пинакотека) и «Принесение во храм» (на обороте - «Стигматизация св. Франциска», Лиссабон, фонд Гульбенклна) и 1447 - центральная часть алтаря ц. тевтонского ордера «Принесение во храм» (Дармштадт, Музей земли Гессен). Благодаря этим двум датам можно установить хронологию и других картин художника.
Сохранившиеся произведения Лохнера открываются образом св. Иеронима (Роли, музей Северной Каролины) и алтарем «Страшный суд», находившимся прежде в ц. св. Лаврентия в Кельне (центральная часть с изображением «Страшного суда» - Кельн, музей Вальраф-Рихарц; внутренние створки, представляющие «Мученичество шести апостолов» - Франкфурт, Штедевский художественный институт; внешние створки с образами святых - Мюнхен, Старая пинакотека). Атрибуция «Св. Иеронима» долгое время оставалась спорной, но фламандские черты этой картины позволили отнести ее к раннему творчеству художника. Алтарь исполнен несколько позже. Деление створок на 6 различных сцен подчинено еще средневековым канонам и напоминает алтари начала XV в. Да и центральная сцена является сочетанием самостоятельных эпизодов. Однако в деталях Лохнер вводит множество новаторских элементов. Фигурам придана совершенно новая свобода, они двигаются непринужденно и живо. Никогда еще человеческая фигура - обнаженная, в профиль или со спины, а также изображение жестов - не было так трактована кельнскими живописцами. Все детали написаны с равным вниманием, и контраст между этими реалистичными элементами, ставшими результатом наблюдения природы, и дробностью ансамбля, побуждает отнести этот триптих к начальной фазе деятельности Лохнера, то есть к 1435-1440.
Большой алтарь «Поклонение волхвов» (Кельн, собор), который позволил идентифицировать художника, был, возможно, исполнен вскоре после 1440. Центральное панно изображает сцену «Поклонения волхвов»; на створках можно видеть двух святых покровителей города и их свиту. На внешних створках представлено «Благовещение» в интерьере, затянутом парчой и с деревянным плафоном. Фигура Богоматери, стоящей на коленях на скамье, слегка повернута к ангелу, который несет ей послание. Лохнер придает всей сцене большую сдержанность; композиция очень проста и легко читаема. Здесь уже ничего не осталось от робких попыток изображения перспективы и передачи пространства, характерных для алтаря «Страшный суд». Отказываясь от аксессуаров, художник стремится выразить самую суть, особенно в центральной сцене, монументальной и стилистически строгой. Группы волхвов и их свиты свободно располагаются вокруг фигуры Марии, восседающей в центре. Лохнер не изобразил ни архитектуры, ни пейзажа, его тема - это сами персонажи, монументальные и мощные, и именно они занимают все пространство картины. Они изображены одновременно объективно и идеализировано. Предметы, фигуры, костюмы представлены с проникновенным интересом в приятном и богатом индивидуальными чертами стиле. Особой заботой мастера стала единая композиция. Мария и два волхва, коленопреклоненные перед ней, вписываются в треугольник; за ними появляется процессия, посреди которой вырисовывается сильно освещенный силуэт третьего волхва. На створках эти группы продолжаются в фигурах святых покровителей города и их свиты. Художника интересует теперь создание единой композиция, которой подчиняются все детали.
Следующим шагом стала картина «Принесение во храм» (1447, Дармштадт, Музей земли Гессен). По своей композиции она близка центральной части «Поклонение волхвов». Место действия обозначено лишь алтарем, который занимает середину картины. Персонажи образуют группы, симметрично расположенные по обе стороны от алтаря. Пустота, которая их разделяет, приобретает особое значение, как ступенчатое расположение в глубину фигур Иосифа, Марии и Симона. Расположение фигур в пространстве подчернуто маленькими фигурами детей.
По сравнению с живописью Вица или Мульчера, искусство Лохнера не несет в себе ничего новаторского. Действительно, художник очень робко подходит к тем новым проблемам, которые развивали два мастера пространство и пейзаж. Приверженный кельнской традиции, он придавал этим проблемам второстепенное значение. Его больше интересовала свободная передача движения персонажей, подчеркнутого одеждами и индивидуальными чертами. Тонкий колорит придает его картинам нежную легкость и торжественность; никакие ракурсы или внезапное движение не прерывает спокойную и собранную атмосферу. Вместе с тем, хотя Лохнер и оставался верен кельнской традиции (например, «Мастер св. Вероники из Мюнхена»), но он ее намного превосходит. Он открывает искусство больших композиций, широких пространств и крупных форм. «Мадонна в беседке из роз» (Кельн, музей Вальраф-Рихарц) - последнее произведение художника, в котором его идеалы сочетаются с кельнской традицией. Фигура Мадонны, окруженной ангелами, образует центр композиции. Слегка склонив голову, Мадонна сидит на газоне. Музицирующие ангелы, которые изящно играют на своих инструментах, подчеркивают торжественное спокойствие и собранность всей сцены. В этой картине вновь обнаруживается тот же художественный язык, который был характерен для Мастера св. Вероники.